Er is iets mis met de krachten van Nya, de Water Ninja. Tegelijkertijd gebeuren er vreemde dingen in en om Ninjago City. Nya's moeder, de vroegere Meester van het Water, komt onverwacht langs om de ninja's te helpen met het oplossen van het raadsel van Nya's verloren krachten. Maar daarvoor moeten ze naar de bodem van de zee…